Nejdůležitější právní kroky ke vzniku Gymnázia uskutečnila iniciativa Spolku rodičů ve Zlíně za vydatné finanční podpory J. A. Bati a starosty J. Čipery. Ministerstvo školství a národní osvěty povolilo dne 13. června 1936 otevřít soukromé pokusné reálné gymnázium. Dne 27. ledna 1937 bylo gymnáziu uděleno právo veřejnosti.

1. a 2. záři roku 1936 proběhl zápis a přijímající řízení. Do prvního roku se přihlásilo pouze patnáct žáků do kvarty a třicet do tercie. Do tercie byli zapsáni žáci z měšťanských škol, do kvarty se přihlásili studenti, kteří studovali na gymnáziích v Holešově, Uherském Hradišti a jinde.

Primy a sekundy nebyly otevírány z důvodu ušetření nákladů, žáci mohli studovat I. a II. třídu měšťanky nebo primu a sekundu na jiných gymnáziích.

„Po přestupu z II A měšťanské školy necítili jsme se v ničem pozadu před spolužáky, kteří do prvních dvou tříd gymnázia dojížděli do Holešova. Pokud si vzpomínám, neznali jsme jen antickou mytologii, kterou znali holešovští z dějepisu.“ [1]

Přijímací zkoušky se konaly z češtiny, matematiky a němčiny, která se na zlínských školách vyučovala už od 4. ročníku obecné školy. Žáci s jedničkami z češtiny a matematiky na obecné škole z těchto předmětů přijímací zkoušky nedělali. Protože i obecná škola byla pokusná, existovalo tam tzv. osamocení. Žáci pracovali samostatně vlastním tempem podle speciálních učebnic. Vždy po určitém úseku vyučující jejich práci zkontroloval. Pokud někdo učebnici zvládl dřív, mohl pracovat podle učebnice vyšší třídy, eventuálně mohl přeskočit ročník.

Z důvodu absence vlastní budovy, užívali studenti většinou učebnic Masarykovy pokusné diferenciované měšťanské školy a Studijního ústavu. Situaci zlepšily až dary učebnic od kantorů, studentů a jejich rodičů. Firma Baťa a.s. přispěla významně částkou 14 626,65 Kč. Společnými silami různých organizací byly položeny základy vlastní knihovny. 

Kapacita a odbornost učeben v Masarykově měšťanské škole neumožňovaly dostatečně odpovídající výuku, a proto se fyzika a chemie vyučovala v posluchárnách a laboratořích Studijního ústavu. Zpěv se vyučoval vždy odpoledne v městské hudební škole. Časté docházení žáků do jiných ústavů bylo již v roce 1937 důvodem k prvnímu stěhování Gymnázia. Spolek rodičů vybral za nové sídlo Studijní ústav I[1], kde mu bylo vyhrazeno celé poschodí.

„Ve Velkém kině si jednou dovolili pražští studenti při návštěvě Zlína zasmát se při žurnále Göringovým nafoukaným gestům a bylo z toho několik zatčení. Stejné napěti mezi gestapem a školami nastalo později při filmu z berlínské olympiády, kdy žactvo ostentativně tleskalo výkonům neněmeckých atletů.“ [1]

„Výjimečné projevy mladického vzrušení, které zachvátilo dne 28. října 1939 jednu třídu, že přišla ostentativně ve svátečním obleku a s černými vázankami, nebo jednoho žáka, který v rozrušení z nečekaného ústupu Britů od Benghasi propadl nebezpečnému duševnímu otřesu, že musel zůstati několik dní doma, než se s tím vyrovnal.“ [2]

Vystupování profesorů ke studentům bylo většinou přátelské. Ve vyšších třídách pan profesor Vašek žákům dokonce tykal. V nižších třídách byl oblíben pan profesor Hondek svým vyprávěním zážitků z cest. V době války si všichni vážili důvěry profesorů. „Jednou za války dokonce profesor Batík prohlásil, že tažení německé armády na Moskvu v zimních mrazech mohl po Napoleonově zkušenosti vymyslet jen mozek idiota“.[1]

„Profesor toleroval, když koncem války žáci bojkotovali hodiny němčiny viditelně jinými činnostmi. Dívky si třeba pletly pod lavicí. Nebo když jsem doslova odhrkala německou básničku oslavu „Muttersprache“ s poukazem, že nejde o mou mateřštinu. Při hospitaci v němčině jsem byla přistižena ředitelem Veselým, že se učím pod lavicí z učebnice ruštiny – jen mě napomenul, že to není rozumné.“[2]

Byly zakázány oslavy ve dnech výročí významných událostí z národní historie. Zato byl stanoven slavnostním dnem 15. březen, počátek okupace a 20. duben, den Hitlerových narozenin. Ředitelé pro tyto příležitosti obdrželi vypracované texty projevů, které museli přednést na společných shromážděních. Každý již musel mít opatřené doklady pro úřední důkaz o rodovém původu. Škola tak pocítila vyřazení Židů z veřejného života a ze studií.

Vyučování na Zálešné trvalo však velmi krátce. Nejprve byly vyhlášeny uhelné prázdniny. S ustupujícími německými vojsky se ze školy staly lazarety, s čímž souviselo rozšíření tyfové infekce. V dubnu 1945 se už nevyučovalo pro blízkost fronty.

Celá řada studentů a profesorů bojovala proti nenáviděnému fašistickému režimu, který si na nich vybral i daň nejvyšší. Do odboje byli zapojeni studenti Stanislav Valentin, Ladislav Světlík ze Želechovic a Zdeněk Jelínek z Vizovic.